相良宗介たち「ミスリル」に、敵「アマルガム」が逆襲!今度は本気の闘いだ!!
敵<アマルガム>のガウルン、ゲイツといった強敵を倒し、いつもの平和な日常が戻った「陣代高校」。しかし、そんな日々は長くは続かなかった・・・。
失態続きの<アマルガム>は、本気で相良宗介たちに襲いかかって来る。世界各地の<ミスリル>の基地が強襲される!テッサ率いるトゥアハー・デ・ダナンが格納されている「メリダ島」も多くのミサイル、アームスレイブによって攻撃される。一方、日本の宗介、かなめにも魔の手が迫っていた!!再び、宗介、かなめ、テッサたちに試練が訪れる!!!

【HERO ストーリー概要】
早朝から誘惑してくる朱乃、急接近してきた小猫、そしてますます積極的になったアーシアに、3人への対抗心を燃やすリアス。
過激な争奪戦の中心にいる一誠は、幸福なエロエロライフに鼻の下を伸ばすばかりだった。

平穏な日常を満喫する一方で、オカルト研究部のメンバーはバアル家とのレーティングゲームと一誠たちの修学旅行に向けて着々と準備を進めていた。
修学旅行の行先は、異なる神話体系が存在する京都。
観光を楽しもうとする一誠たちだったが、到着するやいなやカオス・ブリゲードの一派と古都に棲まう妖怪たちの悶着に巻き込まれてしまう。
一誠はリアスの愛する京都を守るため、新たな「可能性」を模索するが……。