地球には二つの人類が存在していた……
旧き時代、地上の主として君臨した地球人と、宇宙移民Ｓ・Ｅ、スペース・エミグラントとして、その地上を一度は支配下に置いたアリシア星人。
かつて両者は 100 年にわたる長き戦いの末に、共存する道を選び、不可侵条約を結んだ。
自らこの星を滅ぼす愚をこれ以上、犯さないために……

老朽化の進む海底都市を浮上させ、荒廃した大地に「ドーム」を築いた地球人。
大戦によって巨大な移民船を失い、高度2千メートルの浮遊都市「アリア」で期を待つアリシア星人。
新たな災厄から両者を守らんとし、互いの軍事技術の粋を集め設立された「地球統一軍」。

戦禍は癒えつつある…ように見えた。
しかし長き戦いによって焦土と化した地球は緩やかに、滅亡への一途を辿っていた。

そして不可侵条約から 150 年を経た現在。
戦いの歴史における、負の遺産とも言うべき戦略システムの復活により、人類は再び存亡の危機にさらされることになる。

人類の最後の望みを託すＬ・Ａ(ラストエンジェルス)プロジェクト始動──
それは人類の希望という使命の下に、5 人のサイバノイド少女戦士の、熾烈を極める戦いの幕開けを意味していた。
これは、絶望と隣り合わせの世界で過酷な運命に抗おうとする、5 人の少女たちの物語。
時は新西暦455年……